最近公司的新项目在做整合，几个频道原来是不同的域名不同的站点都是独立的文件夹，现在要公用Application目录和CI库目录等文件夹，为了便于管理与避免冲突，控制器controllers文件夹里各频道的控制器分别放在一个子目录里。为了让原来的访问地址一样有效，得重写.htaccess里的RewriteRule规则。
原来的规则：RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L] #隐藏了index.php
控制器转移到了user目录里，由于我想当然地在规则里直接加上了user：
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/user/$1 [L]
可是访问时出现了404错误，访问/index.php/user/controller这样的网址又是正常的。
经过解读CI代码，发现了造成这个问题的原因：非参数方式传递控制器名等信息时，获取URI数据是从当前链接获取的，而非重写后的，导致文件夹数据丢失。
后经CI交流群Hex提醒，在config/routes.php里设置了路由，解决了：
$route['(S+)']="user/$1";